W finale pierwszej części potężny czarnoksiężnik Gellert Grindelwald (Johnny Depp) został schwytany przez MKSZA (Magiczny Kongres Stanów Zjednoczonych Ameryki) przy udziale Newta Scamandera (Eddie Redmayne). Niestety Grindelwald spełnił swoją groźbę i uciekł z więzienia, po czym zaczął gromadzić zwolenników zupełnie nieświadomych prawdziwego celu jego działań, jakim jest wyniesienie czarodziejów czystej krwi ponad wszystkie niemagiczne istoty. Aby pokrzyżować plany czarnoksiężnika, Albus Dumbledore (Jude Law) werbuje swojego byłego ucznia — Newta Scamandera, który zgadza się pomóc, nieświadomy czyhających na niego niebezpieczeństw. W coraz bardziej skonfliktowanym świecie czarodziejów do podziałów dochodzi nawet między najbliższymi przyjaciółmi i krewnymi, których miłość i lojalność zostaną wystawiane na próbę.